1814年、総督ホセ・ミゲル・デ・ラ・カジェは、ホセ・フェリックス・デ・レストレポが起草した奴隷解放法に署名しました。その直後、デル・コラルが腸チフスで死亡し、国家を安定させられる有能な指導者はほとんど残りませんでした。地域紛争と内部の脆弱さにより、アンティオキアの崩壊と、スペインによる鎮定期間中の服従は加速しました。1818年、サマーニョはカルロス・トルラ大佐を政治・軍事総督に任命しましたが、彼は1819年のボヤカにおける愛国派の勝利後、サンタ・フェ・デ・アンティオキアから逃亡しました。その年、王令によってアンティオキア教区の設立が確認され、軍事総督となっていたホセ・マリア・コルドバ将軍は、元財務官であるスペイン人ホセ・マリア・デル・バジェの処刑を命じました。

1810年9月、アンティオキア最後の王党派総督フランシスコ・デ・アジャラは、最高統治評議会の議長として宣誓就任し、1811年初頭までその職にあった。その年の1月以降、アンティオキアは事実上独自の政府を持つようになったが、なお旧体制の形式をまとっており、フアン・バウティスタ・デル・コラルやホセ・マヌエル・レスプレポといった代表をボゴタの制憲議会に派遣した。やがてこの州は、自らの地方的主権をアンティオキア連邦州として宣言し、1812年にはリオネグロで憲法を採択し、共和主義の原則に従って行政機構を整備したが、強力な中央権力を志向していた。

1813年、スペイン軍准将フアン・サマーニョがポパヤンから進軍し、アンティオキアを脅かすとともに、王党派と愛国派の対立を一層先鋭化させた。優柔不断な立法府を前に、デル・コラルは独立支持を結集し、州を戦時体制に置き、1813年8月11日にアンティオキアのスペインからの分離を宣言した。1814年、ホセ・ミゲル・デ・ラ・カジェ総督の下で、州はホセ・フェリクス・デ・レスプレポが起草した漸進的奴隷解放法を承認したが、同年中にデル・コラルが死去し、有能な指導者はほとんど残らなかった。地域対立と統合的指導者の不在により、アンティオキアはスペインによる鎮定作戦の中で比較的容易に屈服することになった。その後サマーニョはカルロス・トルラを政治・軍事総督に任命したが、1819年のボヤカにおける愛国派の勝利後、彼は逃亡した。その年、独立戦争の勝利を受けて、アンティオキア軍事総督となっていたホセ・マリア・コルドバ将軍は、元王室財務官ホセ・マリア・デル・バジェの処刑を命じた。この出来事は、同州におけるスペイン権威の最終的崩壊を象徴するものとなった。