1810년 9월, 안티오키아의 마지막 왕실 총독이었던 프란시스코 데 아얄라는 최고 통치 평의회의 의장(대통령)으로 취임 선서를 하고 1811년 초까지 그 직을 맡았다. 그해 1월부터 안티오키아는 사실상 자체 정부를 갖게 되었으나, 여전히 구체제의 형식을 두르고 있었고, 후안 바우티스타 델 코랄과 호세 마누엘 레스트레포와 같은 대표들을 보고타의 제헌 의회에 파견했다. 곧이어 이 지방은 자신들의 지역적 주권을 ‘안티오키아 연방주’로 선포하고, 1812년 리오네그로에서 헌법을 채택했으며, 공화주의 원칙에 따라 행정 체계를 정비하면서도 강력한 중앙 권력을 선호했다.

1813년, 스페인 준장 후안 사마뇨가 포파얀에서 진격해 와 안티오키아를 위협하면서 왕당파와 애국파 사이의 분열이 심화되었다. 우유부단한 입법부를 둘러싼 상황에서 델 코랄은 독립 지지를 결집시키고, 주를 전시 체제로 전환했으며, 1813년 8월 11일 안티오키아의 스페인으로부터의 분리를 선포했다. 1814년, 호세 미겔 데 라 카예 총독 치하에서 주는 호세 펠릭스 데 레스트레포가 기초한 점진적 해방(노예 해방) 법을 승인했으나, 같은 해 델 코랄이 사망하면서 유능한 지도자는 거의 남지 않았다. 지역 갈등과 통합적 지도자의 부재로 인해 안티오키아는 스페인의 ‘평정’ 과정에서 비교적 손쉽게 굴복하게 되었다. 이후 사마뇨는 카를로스 톨라를 정치·군사 총독으로 임명했으나, 그는 1819년 보야카 전투에서 애국군이 승리한 뒤 도주했다. 그해, 독립 전쟁의 승리 이후 안티오키아의 군사 총독이 된 호세 마리아 코르도바 장군은 전 왕실 재무 관리였던 호세 마리아 델 바예의 처형을 명령했는데, 이 사건은 해당 지방에서 스페인 권위가 최종적으로 붕괴했음을 상징하는 일이었다.

1814년, 주지사 호세 미겔 데 라 카예는 호세 펠릭스 데 레스트레포가 기안한 노예 해방법에 서명했습니다. 얼마 지나지 않아 델 코랄이 장티푸스로 사망하면서, 주를 안정시킬 수 있는 유능한 지도자는 거의 남지 않게 되었습니다. 지역 분쟁과 내부적 취약성은 안티오키아의 붕괴와 스페인 평정 기간 동안의 굴복을 가속화했습니다. 1818년, 사마노는 카를로스 톨라 대령을 정치·군사 총독으로 임명했으나, 그는 1819년 보야카에서 애국군이 승리한 뒤 산타 페 데 안티오키아에서 도망쳤습니다. 그해, 왕실 칙령으로 안티오키아 교구의 설립이 확인되었고, 군사 총독이 된 호세 마리아 코르도바 장군은 전 재무 관리였던 스페인인 호세 마리아 델 바예의 처형을 명령했습니다.