安蒂奥基亚的早期自治（1810–1813）
1810年9月，最后一任殖民总督弗朗西斯科·德·阿亚拉成为安蒂奥基亚最高统治委员会主席，任职至1811年2月。到次年1月，该省已组建起自己的政府，同时仍保留旧政权的一些形式，并派遣胡安·包蒂斯塔·德尔·科拉尔和何塞·曼努埃尔·雷斯特雷波前往波哥大的制宪会议，由何塞·玛丽亚·蒙托亚·杜克担任国家总统。同年，安蒂奥基亚宣布其地区主权，宣告成立“安蒂奥基亚联邦国”，并选举何塞·安东尼奥·戈麦斯为总统。

1812年1月1日，“至高无上的制宪与选举学院”在里奥内格罗召开会议，起草一部以共和理念为基础的宪法，将立法、行政和司法权加以分立，并组织公共行政体系。1813年，当准将胡安·萨马诺自波帕扬推进时，保皇派与爱国者之间的紧张局势加剧；德尔·科拉尔动员起独立情绪，使国家进入战备状态，并于8月11日宣布安蒂奥基亚脱离西班牙。

安蒂奥基亚的独立
1810年9月，安蒂奥基亚最后一任王室总督弗朗西斯科·德·阿亚拉宣誓就任最高统治委员会主席，并任职至1811年初。从当年1月起，安蒂奥基亚事实上拥有了自己的政府，尽管仍披着旧制度的外衣，并派出胡安·包蒂斯塔·德尔·科拉尔和何塞·曼努埃尔·雷斯特雷波等代表前往波哥大的制宪会议。此后不久，该省宣布其作为“安蒂奥基亚联邦州”的地区主权，于1812年在里奥内格罗通过宪法，并按照共和原则组织行政机构，同时仍倾向于强有力的中央权威。

1813年，西班牙准将胡安·萨马尼奥自波帕扬进军，对安蒂奥基亚构成威胁，并加剧了保皇派与爱国者之间的分裂。在举棋不定的立法机构之中，德尔·科拉尔动员起对独立的支持，使该州进入战时状态，并于1813年8月11日宣布安蒂奥基亚脱离西班牙。1814年，在总督何塞·米格尔·德·拉·卡列的领导下，省议会通过了由何塞·费利克斯·德·雷斯特雷波起草的渐进解放奴隶法，但德尔·科拉尔在同年去世，留下的有能力的领导人寥寥无几。地方纷争以及缺乏统一的领袖，使安蒂奥基亚在西班牙“平定”行动中相对容易地屈服。此后，萨马尼奥任命卡洛斯·托尔拉为政治与军事总督，但在1819年爱国者在博亚卡获胜后，他被迫逃离。同年，随着独立战争的胜利，时任安蒂奥基亚军事总督的何塞·玛丽亚·科尔多瓦将军下令处决前王室财政官员何塞·玛丽亚·德尔·巴列——这一事件象征着西班牙在该省权威的最终崩溃。

安蒂奥基亚的过渡与危机（1814–1819）
1814年，总督何塞·米格尔·德·拉·卡列签署了由何塞·费利克斯·德·雷斯特雷波起草的《奴隶解放法》。不久之后，德尔·科拉尔因伤寒去世，几乎没有有能力的领导人来稳定该州。地方冲突和内部软弱加速了安蒂奥基亚的崩溃，以及在西班牙“平定”行动中的屈服。1818年，萨马诺任命卡洛斯·托尔拉上校为政治和军事总督，但在1819年爱国者在博亚卡获胜后，他从圣菲·德·安蒂奥基亚逃离。同年，一道王室敕令确认了安蒂奥基亚教区的设立，而时任军事总督的何塞·玛丽亚·科尔多瓦将军下令处决西班牙人、前财政官员何塞·玛丽亚·德尔·巴列。