3万〜4万年前、現在の先住民の祖先たちは氷河期にベーリング海峡を渡り、徐々にアメリカ大陸各地に広がっていきました。16世紀にポルトガル人がブラジルに到達したとき、トドス・オス・サントス湾には、その移住民の遠い子孫であるトゥピナンバ族が暮らしていました。彼らはトゥピニキン族をこの肥沃な地域から追い出し、500〜3,000人の集団で生活していました。初期の宣教師マノエル・ダ・ノーブレガ神父は、彼らを非常に好戦的で感覚的な気質を持ち、狩猟・漁労・農耕に長けた人々として描写しています。

トゥピナンバ族を改宗させ支配するため、教会は沿岸部や内陸部にミッションを設立し、植民地支配と開拓に歩調を合わせました。先住民たちは労働を強いられ、イエズス会による布教の対象となりました。それでも先住民文化は、町や川、丘の地名、鮮やかな色彩や頻繁な入浴を好むブラジル人の気質、そしてキャッサバ（マンジョカ）を用いた料理や串焼き肉といった食文化の中に生き続けています。

1668年5月5日の夜、トドス・オス・サントス湾の入口にサンチッシモ・サクラメント号ガレオン船が到着したことを知らせる砲声が、サント・アントニオ・ダ・バッラ要塞から響き渡りました。停泊地付近で激しい嵐に見舞われ、港へ向かう途中で船は針路を外れ、午後11時ごろに沈没しました。犠牲者の中には、新任のブラジル総督、船長、複数の聖職者や貴族、そして多くの家族が含まれていました。死者数は400人近くに達し、生存者はわずか70人ほどでした。

サンチッシモ・サクラメント号は、約60門の鉄製および青銅製の大砲を備えた500トン級のガレオン船で、1650年から1651年にかけてポルトガル北部ポルトのリベイラ・ダス・ナウス造船所で建造されました。この船は1649年に設立されたブラジル貿易総会社（Companhia Geral do Comércio do Brasil）に所属しており、同社はブラジル航路の商船隊を護衛するために独自の軍用艦隊を保有し、商業的利益、海軍力、そして植民地拡張を結びつけていました。

カトリック色の強い国ブラジルでは、長いあいだ教会は軍隊を含む社会生活のあらゆる領域に存在していました。サルヴァドールでは、フォルテ・ダ・バーハにある聖アントニオ像――同市最初の守護聖人でもある――が17世紀半ばに公式に兵士としての階級と給与を与えられ、1705年には大尉に昇進しました。この風変わりな軍への任命は、教会の文化的影響力と、バイーアにおけるカトリック信仰の民衆への広がりの両方を物語っています。この聖人像はその後も何世紀にもわたり昇進とそれに見合う給与を受け続け、最終的に1912年、軍の給与名簿から外されましたが、その時点での階級は中佐でした。