Hace entre treinta y cuarenta mil años, los antepasados de los pueblos indígenas actuales cruzaron el estrecho de Bering durante la Edad de Hielo y poblaron gradualmente las Américas. Cuando los portugueses llegaron a Brasil en el siglo XVI, la bahía de Todos los Santos estaba habitada por los tupinambá, descendientes lejanos de aquellos migrantes. Habían expulsado a los tupiniquim de esta fértil región y vivían en grupos de 500 a 3.000 personas. El misionero temprano padre Manoel da Nóbrega los describió como muy belicosos, muy sensuales y hábiles cazadores, pescadores y agricultores.

Para convertir y controlar a los tupinambá, la Iglesia estableció misiones a lo largo de la costa y en el interior, alineadas con la conquista y la colonización. Los indígenas fueron forzados a trabajar y sometidos a la evangelización jesuita. Sin embargo, la cultura indígena perdura en los nombres de pueblos, ríos y colinas; en el gusto de los brasileños por los colores vivos y los baños frecuentes; y en prácticas culinarias como cocinar con mandioca y asar carne en brochetas.

Brasil, un país profundamente católico, vio durante mucho tiempo a la Iglesia presente en todas las esferas de la vida social, incluido el ejército. En Salvador, la imagen de San Antonio en el Forte da Barra —también el primer santo patrón de la ciudad— recibió oficialmente un rango y un salario de soldado a mediados del siglo XVII, y fue ascendida a capitán en 1705. Este inusual nombramiento militar ilustra tanto la influencia cultural de la Iglesia como el alcance popular de la devoción católica en Bahía. La imagen del santo siguió recibiendo ascensos y los salarios correspondientes durante siglos, hasta que finalmente fue retirada de la nómina del ejército en 1912, momento en el que ostentaba el rango de teniente coronel.

En la noche del 5 de mayo de 1668, los cañones del Forte de Santo Antônio da Barra anunciaron la llegada del galeón Santíssimo Sacramento a la entrada de la bahía de Todos os Santos. Una violenta tormenta cerca de la zona de fondeo desvió el barco de su rumbo cuando se acercaba al puerto, y se hundió alrededor de las 11 de la noche. Entre los muertos se encontraban el nuevo gobernador general de Brasil, el capitán, varios clérigos y nobles, y muchas familias. El número de víctimas se acercó a 400; apenas unas 70 personas sobrevivieron.

El Santíssimo Sacramento, un galeón de 500 toneladas armado con unos sesenta cañones de hierro y bronce, fue construido entre 1650 y 1651 en el astillero de Ribeira das Naus, en Oporto, en el norte de Portugal. Pertenecía a la Companhia Geral do Comércio do Brasil, fundada en 1649, que mantenía su propia flota de guerra para escoltar los convoyes mercantes en la ruta de Brasil, vinculando intereses comerciales, poder naval y expansión colonial.