Il y a trente à quarante mille ans, les ancêtres des peuples autochtones actuels ont traversé le détroit de Béring pendant l’ère glaciaire et ont peu à peu peuplé les Amériques. Lorsque les Portugais atteignent le Brésil au XVIe siècle, la baie de Todos os Santos est habitée par les Tupinambá, lointains descendants de ces migrants. Ils avaient chassé les Tupiniquim de cette région fertile et vivaient en groupes de 500 à 3 000 personnes. Le père Manoel da Nóbrega, l’un des premiers missionnaires, les décrivait comme très belliqueux, fortement sensuels et habiles chasseurs, pêcheurs et agriculteurs.

Pour convertir et contrôler les Tupinambá, l’Église établit des missions le long de la côte et à l’intérieur des terres, en accord avec la conquête et la colonisation. Les populations autochtones furent contraintes au travail et soumises à l’évangélisation jésuite. Pourtant, la culture autochtone perdure dans les noms de villes, de rivières et de collines, dans le goût des Brésiliens pour les couleurs vives et les bains fréquents, ainsi que dans les pratiques culinaires comme la cuisine à base de manioc et la viande grillée sur des brochettes.

Dans la nuit du 5 mai 1668, les canons du Forte de Santo Antônio da Barra annoncèrent l’arrivée du galion Santíssimo Sacramento à l’entrée de la baie de Todos os Santos. Une violente tempête près du mouillage fit dévier le navire de sa route alors qu’il approchait du port, et il coula vers 23 heures. Parmi les morts se trouvaient le nouveau gouverneur général du Brésil, le capitaine, plusieurs ecclésiastiques et nobles, ainsi que de nombreuses familles. Le nombre de victimes approcha les 400 ; à peine quelque 70 personnes survécurent.

Le Santíssimo Sacramento, un galion de 500 tonnes armé d’environ soixante canons en fer et en bronze, fut construit entre 1650 et 1651 au chantier naval de Ribeira das Naus, à Porto, dans le nord du Portugal. Il appartenait à la Companhia Geral do Comércio do Brasil, fondée en 1649, qui entretenait sa propre flotte de guerre pour escorter les convois marchands sur la route du Brésil, liant ainsi intérêts commerciaux, puissance navale et expansion coloniale.

Le Brésil, pays fortement catholique, a longtemps vu l’Église présente dans toutes les sphères de la vie sociale, y compris l’armée. À Salvador, l’image de saint Antoine au Forte da Barra — également premier saint patron de la ville — reçut officiellement un grade et une solde de soldat au milieu du XVIIe siècle, puis fut promue capitaine en 1705. Cette nomination militaire inhabituelle illustre à la fois l’influence culturelle de l’Église et l’ampleur populaire de la dévotion catholique en Bahia. L’image du saint continua de recevoir des promotions et les salaires correspondants pendant des siècles, jusqu’à ce qu’elle soit finalement retirée de la liste de paie de l’armée en 1912, date à laquelle elle détenait le grade de lieutenant-colonel.