Há trinta a quarenta mil anos, os ancestrais dos povos indígenas atuais atravessaram o estreito de Bering durante a Idade do Gelo e povoaram gradualmente as Américas. Quando os portugueses chegaram ao Brasil no século XVI, a Baía de Todos os Santos era habitada pelos Tupinambá, descendentes distantes desses migrantes. Eles haviam expulsado os Tupiniquim dessa região fértil e viviam em grupos de 500 a 3.000 pessoas. O padre Manoel da Nóbrega, um dos primeiros missionários, descreveu-os como muito guerreiros, altamente sensuais e habilidosos caçadores, pescadores e agricultores.

Para converter e controlar os Tupinambá, a Igreja estabeleceu missões ao longo do litoral e no interior, alinhadas com a conquista e a colonização. Os povos indígenas foram forçados ao trabalho e submetidos à evangelização jesuítica. Ainda assim, a cultura indígena permanece viva nos nomes de cidades, rios e morros, no gosto dos brasileiros por cores vibrantes e banhos frequentes, e em práticas culinárias como o uso da mandioca e o preparo de carne assada em espetos.

Na noite de 5 de maio de 1668, os canhões do Forte de Santo Antônio da Barra anunciaram a chegada do galeão Santíssimo Sacramento à entrada da Baía de Todos os Santos. Uma violenta tempestade próxima ao fundeadouro desviou o navio de sua rota quando se aproximava do porto, e ele afundou por volta das 23 horas. Entre os mortos estavam o novo governador-geral do Brasil, o capitão, vários clérigos e nobres, e muitas famílias. O número de mortos se aproximou de 400; apenas cerca de 70 pessoas sobreviveram.

O Santíssimo Sacramento, um galeão de 500 toneladas armado com cerca de sessenta canhões de ferro e bronze, foi construído entre 1650 e 1651 no estaleiro da Ribeira das Naus, no Porto, norte de Portugal. Pertencia à Companhia Geral do Comércio do Brasil, fundada em 1649, que mantinha sua própria frota de guerra para escoltar comboios mercantes na rota do Brasil, ligando interesses comerciais, poder naval e expansão colonial.

O Brasil, um país fortemente católico, durante muito tempo viu a Igreja presente em todas as esferas da vida social, incluindo o exército. Em Salvador, a imagem de Santo Antônio no Forte da Barra — também o primeiro santo padroeiro da cidade — recebeu oficialmente a patente e o soldo de soldado em meados do século XVII, sendo promovida a capitão em 1705. Essa nomeação militar incomum ilustra tanto a influência cultural da Igreja quanto o alcance popular da devoção católica na Bahia. A imagem do santo continuou a receber promoções e os salários correspondentes por séculos, até ser finalmente retirada da folha de pagamento do exército em 1912, quando já detinha a patente de tenente-coronel.