1805年8月15日，在罗马的圣山（蒙特萨克罗），西蒙·玻利瓦尔在其老师西蒙·罗德里格斯面前发誓，在他打破西班牙在美洲的锁链之前绝不休息。1810年7月，他启程前往伦敦执行外交使命，寻求对独立事业的支持。第一共和国覆灭后，他于1812年5月26日撰写了《卡塔赫纳宣言》，分析其失败的错误。1813年，新格拉纳达政府任命他为爱国军队总司令；他从库库塔出发，发动下马格达莱纳战役，颁布《战争至死法令》，并进入加拉加斯，不久便在此被誉为“解放者”，这一称号也由梅里达授予他。洛斯奥尔科内斯和洛斯塔瓜内斯等胜利，与拉普埃尔塔等失败以及1814年东方移民的艰辛形成鲜明对比。1815年流亡牙买加期间，他寻求英国支持，随后自海地组织远征（1816–1817），进入安戈斯图拉，创办《奥里诺科邮报》，并将圭亚那巩固为战略基地。

1819年2月15日，玻利瓦尔召开安戈斯图拉会议并发表著名演说，随后发动新格拉纳达解放战役，并于8月7日在博亚卡取得爱国军的胜利。同年，会议宣布成立哥伦比亚共和国（大哥伦比亚），1820年玻利瓦尔与莫里略签署条约，使战争规范化。卡拉沃沃战役的胜利（1821年6月24日）确保了委内瑞拉的独立，而库库塔宪法则确立了大哥伦比亚。随后的战役带来了皮钦查（1822年）的胜利、在瓜亚基尔与圣马丁的会晤以及基多的解放。在秘鲁，胡宁战役（1824年8月6日）和阿亚库乔战役（1824年12月9日）标志着西班牙的彻底失败。玻利瓦尔进入利马，继续推进至上秘鲁，并于1825年主持创建了玻利维亚共和国。他的大陆构想在1826年的巴拿马会议上达到顶峰，为这场旨在以自由联合西班牙美洲的政治与军事史诗画上了顶点。

从16世纪到19世纪，西班牙根据其美洲领地的战略和经济重要性，将其组织为总督区和总司令辖区。特诺奇蒂特兰于1521年陷落后，新西班牙总督区成立，以墨西哥城为首府，范围包括北美和中美洲、安的列斯群岛、现今美国的部分地区以及菲律宾；它于1821年成为墨西哥共和国。1534年征服库斯科之后，秘鲁总督区成立，以利马为首府，统辖南美洲的大部分地区。其长期衰落以1824年的阿亚库乔战役和1826年西班牙在奇洛埃最后一个据点的失守而告终，而玻利维亚等新共和国则在19世纪30年代逐渐巩固。1780–81年，由克里奥尔人发起的秘鲁起义演变为在图帕克·阿马鲁领导下的大规模原住民起义。

1700年，波旁王朝的新君主菲利普五世登上西班牙王位，在西班牙本土及其殖民地推行政治、经济和行政改革。新格拉纳达总督区于1717年设立，以圣菲·德·波哥大为首府，1723年被撤销，1739年恢复；其范围包括哥伦比亚、巴拿马、委内瑞拉和厄瓜多尔。独立运动于1810年开始，1819年成立“大哥伦比亚”，后于1830年分裂为哥伦比亚、委内瑞拉和厄瓜多尔；巴拿马于1903年从哥伦比亚分离，而1977年的托里霍斯–卡特条约则规定将运河归还给哥伦比亚共和国。拉普拉塔河总督区由查理三世于1776年设立，涵盖现今阿根廷、玻利维亚、乌拉圭、巴拉圭、智利北部和巴西南部的领土。整个19世纪，这些总督区陆续获得独立。16至19世纪间，西班牙还建立了一张总司令辖区网络——圣多明各、危地马拉、新比斯开、尤卡坦、佛罗里达、波多黎各、智利、内地省份以及委内瑞拉（后者于1811年宣布独立）——反映了帝国权威逐步碎片化的过程。

瓜内人的木乃伊化是由于气候条件自然形成的，而不是通过有意的仪式性技术实现的。其他遗体则被安葬在陶器中，或置于奇卡莫查峡谷的地质裂缝内，在那里，红色被用作哀悼之色。岩画分布在奇卡莫查峡谷和圣人高原的高耸峭壁与避风岩壁上，以植物性颜料直接涂绘在岩石表面；这些表意符号很可能构成了一种仪式性或象征性的语言。瓜内人也从事音乐活动，使用芦苇或骨制长笛、陶制奥卡里那、排箫和沙锤——其中一些实例现藏于玻利瓦尔故居博物馆（Museo Casa de Bolívar）。他们的语言已经失传，仅在少数地名中残存。蒙科拉聚落，即今天巴里查拉境内的瓜内区（corregimiento de Guane），后来成为瓜内人及其他族群被安置于殖民时期保留地时的迁居地点。

颅骨变形技术
殖民时期的编年史作者记载，在瓜内、金巴亚等地区，人们有意对头骨进行变形。根据佩德罗·西蒙的记述，婴儿一出生，头部就会被“塑造成他们想要的样子”，方法是将木板放在前额和后脑，并用绑带收紧。有时底部的木板会倾斜，或在两侧加装额外的木板，这样当颅骨在这些狭窄的模具中生长时，就会逐渐呈现出预期的形状。

一般来说，头骨会从前向后被压扁，几乎消除了前额，并扩大了后部区域；在其他情况下，后脑会被缩短或拉长，“呈头盔状”。这些从婴儿早期开始、持续多年的做法，造就了在许多安第斯地区骨骼遗骸中所见到的醒目头型，并与社会地位和群体身份相关联。

瓜内人曾居住在如今哥伦比亚境内的广阔地区，与亚里吉耶斯人、奇塔雷罗斯人、拉切斯人、波伊马斯人及其他原住民群体接壤。胡安·德·卡斯特利亚诺斯和佩德罗·西蒙等编年史家将他们描述为有别于其他美洲印第安族群。来自“圣人高原”（Mesa de los Santos）等遗址的考古证据，以及对瓜内木乃伊的扫描和X光片显示，他们的颅骨形态被视为“高加索型”，且往往经过刻意的颅骨变形。从出生起，婴儿的头部被夹在用绑带固定的木板之间，有时还加装侧板，从而塑造出拉长或扁平的头骨，这既标示社会等级，也将他们与周边族群区分开来。

瓜内人种植棉花、玉米、豆类、南瓜和多种水果，饮食中高度依赖鱼类，并辅以鹿等猎物。妇女尤其擅长纺织棉纤维和木棉纤维，制作出高品质的织物，并以靛蓝、胭脂虫、藏红花及其他植物颜料染色，再用滚轮式“印纹器”（pintaderas）装饰，为织物增添精致的收边效果。他们还利用龙舌兰纤维和竹、藤等材料编织篮具，并制作出极具视觉冲击力的物品，如以人发制成的帽子。他们的陶器常涂成红色，并饰以贴塑或刻划的人物与动物形象，保存着其领土的地质记忆。葬俗包括在干燥气候下形成的自然木乃伊、以陶罐为棺的埋葬方式，以及将遗体安置在岩缝之中；红色是哀悼之色。以植物颜料绘制在高耸峡谷岩壁上的岩画，很可能表达了一种仪式性或象征性的语言。关于其音乐传统，可从长笛、陶笛、排箫和沙锤等乐器中得到印证。征服之后，瓜内人与其他族群被迁往诸如蒙科拉（今巴里查拉境内的瓜内镇）等聚居地，他们的语言如今仅残存于少数地名之中。

瓜内人种植棉花、玉米、豆类、南瓜以及多种水果，并以猎取的鹿和法拉等动物作为补充，不过鱼类才是他们最主要的食物来源。妇女擅长用简单的木制纺锤纺织棉纤维和木棉纤维，制作出工艺相当精细的纺织品。靛蓝提供蓝色，胭脂虫制成紫色，藏红花带来黄色，trompeto 植物呈现朱红色；一种名为“barba de piedra”的植物则能产生一种特别的红色。他们的纺织品成为重要的贸易商品，用来与穆伊斯卡人交换盐，与奇塔雷罗斯人和奥伊巴斯人交换陶器，并与加勒比地区的族群交换贝壳。

瓜内工匠擅长纺织生产，制作精细织物，并以滚轮印章（pintaderas）压印出细腻的图案。位于布卡拉曼加的玻利瓦尔故居博物馆（Museo Casa de Bolívar）保存着其中最重要的收藏之一，其中包括一顶以人发编织而成的罕见帽子——在哥伦比亚各原住民群体中独一无二的物件。他们还使用龙舌兰纤维、castilla 甘蔗以及其他当地纤维制作篮子和日常用品。除了在纺织方面的高超技艺外，瓜内人还在武器制造上发展出显著的本领，制作弓、箭、投石索、棍棒、macana 矛以及由锋利硅质石制成的斧头。这些工具既用于日常生计，也用于社区防御。