Отель де Субиз стоит на месте резиденции Оливье де Клиссона, построенной в 1371 году за пределами стен средневекового укреплённого города Филиппа-Августа. От того периода сохранились укреплённые ворота, фланкированные двумя башнями, которые до сих пор видны с улицы Rue des Archives. В XVI веке новые владельцы — могущественный род Гизов — поручили архитектору Габриэлю Суиньяку расширить владение. Они пригласили ведущих итальянских художников, в том числе Приматиччо и Никколо дель Аббате, чтобы украсить заново построенную часовню. Именно здесь Гизы разместили штаб-квартиру Католической лиги, и по преданию, в её стенах был спланирован Варфоломеевской ночной резни 1572 года.

В 1700 году Франсуа де Роган, принц де Субиз, приобрёл особняк и поручил молодому архитектору Пьеру-Алекси Деламеру модернизировать его. Деламер развернул главный фасад на юг и создал величественный cour d’honneur, обрамлённый колоннадой, выходящей на улицу Rue des Francs-Bourgeois. Скульптурное оформление входа с двумя женскими фигурами, воплощающими Славу и Бдительность князей, было выполнено Робером Ле Лорреном.

Позднее, после того как Деламер утратил расположение своего покровителя, проект перешёл к Жермену Бофрану. Бофран спроектировал роскошные интерьеры парадных апартаментов, чьи рокайльные декорации сегодня считаются одними из самых знаменитых в Париже.

Конфискованный как имущество эмигранта во время Французской революции, отель в 1808 году был передан Наполеоном I Национальному архиву. Начиная с 1867 года здесь размещался музей, в котором экспонировалась подборка одних из важнейших документов французской истории. Сегодня, будучи историческим сердцем Архива, он служит ключевым местом встречи между архивным наследием и широкой публикой, принимая крупные тематические выставки, научные дни и конференции, образовательные мастерские, концерты и другие мероприятия.

Доступ к большим архивным хранилищам — Grands dépôts — осуществляется через отель де Субиз во время регулярно организуемых экскурсионных посещений, что превращает эту бывшую аристократическую резиденцию в ворота к документальной памяти Франции.