José de San Martín começou a organizar o Estado peruano, criando os primeiros ministérios, instituições e símbolos nacionais. Após sua partida em setembro de 1822, o poder passou a uma Suprema Junta Governativa e foi convocado o primeiro Congresso Constituinte. No final de fevereiro de 1823, José de la Riva-Agüero foi eleito presidente do Peru.

O novo presidente logo entrou em conflito com o Congresso, que o destituiu e nomeou José Bernardo de Tagle como seu sucessor. Depois de um revés militar para os patriotas em setembro de 1823, o Congresso convidou Simón Bolívar a assumir o comando político e militar do Peru.

A presença Wari na região
A partir do século VII, os Andes centrais entraram em um período de profundas transformações. A expansão do estado Wari a partir de Ayacucho, aparentemente por meio de alianças em vez de violência aberta, remodelou a economia, a sociedade, a cultura e os sistemas de crenças. Em Lima, em centros cerimoniais como Pucllana e Catalina Huanca, os costumes funerários Wari tornaram-se dominantes, e a arquitetura mortuária mudou à medida que os níveis superiores das construções foram transformados em túmulos e mausoléus, formando grandes cemitérios.

A arquitetura e a iconografia Wari também são visíveis em sítios como Socos e Cajamarquilla, e de forma ainda mais clara no Templo Pintado de Pachacamac, que ganhou prestígio graças à presença do mais importante oráculo costeiro da região. A influência Wari também transformou a cerâmica, como se observa no estilo Nievería: vasos finamente elaborados e ricamente decorados, com figuras modeladas em atividades cotidianas e com desenhos de peixes e seres míticos ligados ao mar.

O Iluminismo e as revoluções americana e francesa provocaram visões fortemente divergentes sobre o domínio espanhol na América. Os intelectuais se dividiram entre os que queriam reformas sem romper com a Espanha e os que defendiam a separação. O aprisionamento de Fernando VII, a invasão francesa da Espanha e a Constituição liberal de Cádis de 1812 intensificaram as ideias pró-independência.

Nesse contexto, surgiram juntas de governo em várias cidades vice-reais. Inicialmente leais à Coroa, elas gradualmente se tornaram separatistas. O vice-rei Abascal combateu-as fora do vice-reinado do Peru: suas tropas restauraram a ordem monárquica em Quito (1809–1810) e no Chile (1814) e travaram uma longa guerra no Alto Peru contra as forças da junta de Buenos Aires.

José de San Martín nasceu em 1778 em Yapeyú, no Vice-Reino do Rio da Prata. Educado na Espanha, ingressou no exército e lutou contra os franceses. De volta a Buenos Aires, destacou-se na Batalha de San Lorenzo (1813). Como governador de Cuyo (1814), ajudou O’Higgins a reorganizar as forças chilenas derrotadas em Rancagua e, liderando o Exército dos Andes, libertou o Chile em 1817. Após a vitória de Maipú (1818), formou o Exército Libertador e, a partir de 1820, liderou a campanha de independência do Peru, ocupando territórios com o apoio de soldados e montoneros. Como governante do Peru (1821–1822), criou importantes instituições públicas, promoveu uma monarquia constitucional e deixou o país em setembro de 1822.

Apenas alguns artistas, entre eles os peruanos Pedro Rojas e José Gil de Castro, tiveram a oportunidade de retratar o general Simón Bolívar ao vivo. Seu ajudante, Daniel Florencio O’Leary, descreveu-o em detalhes: testa alta e marcada por rugas; sobrancelhas espessas e bem desenhadas; olhos escuros e penetrantes; nariz um tanto longo, mas bem formado, marcado por uma pequena verruga; maçãs do rosto salientes e bochechas encovadas; boca pouco atraente, de lábios grossos e irregulares, mas dentes brancos e alinhados; maxilar e queixo fortes; orelhas grandes; e cabelos extremamente negros e encaracolados, usados compridos, com costeletas e bigode de tom mais claro. A figura de Bolívar era magra, sua pele escura e áspera, e as mãos e os pés surpreendentemente pequenos.

Simón Bolívar nasceu em Caracas em 1781 e perdeu o pai ainda muito jovem. Educado na infância por Simón Rodríguez, viajou para a Espanha em 1799 e mais tarde visitou a França e a Itália, onde se convenceu da necessidade da independência americana. Regressou a Caracas em 1805 e, cinco anos depois, juntou-se às forças de Francisco de Miranda. Após a derrota destas, refugiou-se no Haiti, de onde relançou a luta, derrotando os exércitos realistas e garantindo a independência de Nova Granada. Após sua vitória em Carabobo (1821), voltou seus esforços para o sul; depois de se encontrar com San Martín em Guayaquil, chegou ao Peru para completar sua libertação.

Para garantir a independência das Províncias Unidas do Rio da Prata (atual Argentina) e do Chile, era necessário derrotar o principal reduto realista na América do Sul. Três primeiras expedições terrestres de Buenos Aires ao Alto Peru fracassaram, o que convenceu o Exército Libertador a lançar, em vez disso, uma campanha marítima.

O governo de O’Higgins adquiriu navios e contratou o destacado oficial naval britânico lorde Thomas Cochrane, cujas ações abriram caminho para as primeiras operações em território peruano.

Em 16 de dezembro de 1810, Dionisio Inca Yupanqui, deputado às Cortes de Cádis e descendente direto do inca Huayna Capac, declarou: Um povo que oprime outro não pode ser livre. Tendo vivido na Espanha desde jovem, foi eleito para representar o Vice-Reino do Peru. Tornou-se conhecido como um orador eloquente que defendia a igualdade entre espanhóis e americanos em geral, bem como os direitos dos povos indígenas.

No alvorecer do segundo milénio, senhores costeiros consolidaram sua autoridade sobre várias regiões em uma organização política conhecida como Ychsma. Uma estratégia fundamental foi a gestão da irrigação: tomadas de água e canais formavam uma complexa rede hidráulica que tornava a agricultura possível, marcava fronteiras territoriais e fornecia recursos às comunidades. Durante esse período, o centro cerimonial de Pachacamac tornou-se a capital dos Ychsma, ligada a centros administrativo-cerimoniais como Armatambo, Puruchuco, Mateo Salado e Huallamarca, alguns deles decorados com motivos padronizados de peixes e aves.

A produção cerâmica aumentou, com jarros de gargalo em forma de rosto, potes pintados ou decorados em relevo e numerosos recipientes usados como armazenamento, louça de mesa e oferendas rituais. Na prática funerária, os Ychsma envolviam seus mortos em fardos, flexionavam e amarravam os corpos e colocavam oferendas como alimentos e folhas de coca. Às vezes acrescentavam cabeças falsas ou máscaras de madeira como representações do falecido.